Postdoktor inom encellsomik och spatial omik vid CNS-utveckling och sjukdom

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa? Li-forskargruppen vid Karolinska Institutet undersöker hur människans centrala nervsystem utvecklas, hur dessa program störs av skada och sjukdom och hur de kan utnyttjas för regeneration och reparation. Vår forskning integrerar encellsbaserad och spatial multiomik, human vävnad från olika utvecklingsstadier, stamcells- och organoidmodeller, perturbationsmetoder och in vivo-modeller för att klarlägga mekanismer som styr celltillstånd och cellöde. Aktuella forskningsinriktningar omfattar ryggmärgens utveckling och regeneration, stamcellers svar på ryggmärgsskada, transplantation av neurala stamceller, CNS-organoider och utvecklingsbiologiska mekanismer vid hjärntumörer. Vårt långsiktiga mål är att gå från att kartlägga celltillstånd i människans CNS till att förstå och i förlängningen kontrollera dem, och därigenom skapa nya möjligheter för regenerativ medicin och behandling av neurologiska sjukdomar. Gruppen erbjuder en tvärvetenskaplig miljö som förenar experimentell biologi, beräkningsvetenskap och translationella samarbeten. Din roll Postdoktorn kommer att bidra till ett forskningsprogram som använder storskaliga encellsbaserade, multiomiska och spatiala dataset för att förstå hur celltillstånd och beslut om cellöde regleras under CNS-utvecklingen och förändras vid sjukdom. Arbetsuppgifterna kommer främst att omfatta dataset från CNS-utveckling hos människa och gnagare, hjärntumörer och organoidmodeller, med möjligheter att koppla beräkningsbaserade upptäckter till experimentell perturbation och validering. Huvudsakliga arbetsuppgifter omfattar att: - Analysera data från single-cell RNA sequencing, spatial transkriptomik och relaterade omikdataset som genererats inom gruppen och från kompletterande offentliga resurser. - Integrera stora dataset över prover, utvecklingsstadier, anatomiska regioner, experimentella modeller och sjukdomstillstånd. - Identifiera och karakterisera celltillstånd, utvecklingsbanor, regulatoriska program och spatial organisation med relevans för CNS-utveckling och sjukdom. - Utföra multiomiska analyser och analyser över flera modaliteter, inklusive integrering av transkriptomiska data, kromatintillgänglighetsdata och spatiala data där det är lämpligt. - Utveckla eller anpassa beräkningsmetoder för storskalig dataintegration, prediktiv modellering, genregulatorisk analys och inferens av cellöde. - Bidra till projekt som undersöker hur cellintrinsisk reglering och den cellulära mikromiljön tillsammans påverkar beslut om cellöde. - Arbeta nära experimentella forskare för att formulera testbara hypoteser, vägleda valideringsexperiment och tolka resultaten i deras biologiska sammanhang. - Bidra till studiedesign, reproducerbara analyspipelines, datavisualisering, manuskriptarbete och utveckling av nya beräkningsbaserade forskningsinriktningar inom gruppen. Den som anställs kommer att ingå i en tvärvetenskaplig forskningsmiljö med tillgång till omfattande egenproducerade encellsbaserade, multiomiska och spatiala dataset som omfattar CNS-utveckling, regeneration, hjärntumörer och organoidmodeller. Tjänsten erbjuder ett nära samarbete med experimentella forskare, vilket gör det möjligt att direkt koppla beräkningsbaserade upptäckter till biologiska frågeställningar, perturbationsexperiment och validering. Det kommer också att finnas möjligheter att utveckla nya analysmetoder och självständiga beräkningsbaserade forskningsinriktningar, särskilt inom storskalig dataintegration, regulatorisk modellering och analys av cellöde. Tjänsten är en visstidsanställning i två år, med möjlighet till förlängning. Vem är du? Vi söker en mycket motiverad forskare inom beräkningsbaserad forskning med en stark bakgrund inom bioinformatik, beräkningsbiologi, genomik eller närliggande kvantitativa områden och ett stort intresse för CNS-biologi. Den som anställs bör ha: - Dokumenterad erfarenhet av att analysera RNA-seq-data från enskilda celler eller cellkärnor. - Dokumenterad erfarenhet av att analysera spatial transkriptomik eller andra spatiala omikdata. - Goda programmeringskunskaper i R och/eller Python. - Erfarenhet av centrala analysmoment, inklusive kvalitetskontroll, celltypsannotering, differentiell analys, dataintegration och biologisk tolkning. - Erfarenhet av att hantera stora och komplexa biologiska dataset och tillämpa lämpliga statistiska metoder över biologiska prover och replikat. - Förmåga att självständigt utveckla och underhålla reproducerbara beräkningsbaserade arbetsflöden, felsöka analyser och kritiskt tolka resultat. - God förmåga att kommunicera på engelska och att samarbeta effektivt med experimentella biologer och andra forskare inom beräkningsbaserad forskning. Erfarenhet av storskalig dataintegration, högpresterande beräkningar, multiomik, kromatintillgänglighetsdata, analys av genregulatoriska nätverk, modellering av utvecklingsbanor eller cellöde, maskininlärning eller analys av perturbationsdata är meriterande. Erfarenhet av CNS-utveckling, stamcellsbiologi, hjärntumörer eller organoidforskning, liksom tidigare utveckling av beräkningsmetoder, är också mycket meriterande. Sökande förväntas inte ha expertis inom samtliga dessa områden. För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara en svensk doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare. Vad erbjuder vi? En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Placering: Solna Tio skäl att välja Karolinska Institutet Ansökan Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska: - Bevis om doktorsexamen - Ett komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete - En komplett publikationslista - En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida) KI tillämpar individuell och differentierad lönesättning enligt våra kollektivavtal RALS och RALS-T.  Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.   Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss!