Doktorand i bioinformatik

Institutionen för biokemi och biofysik. Institutionens lokaler ligger huvudsakligen i Arrheniuslaboratorierna tillsammans med de andra kemiinstitutionerna och andra institutioner inom naturvetenskapliga fakulteten. Vi är närmare 270 anställda, som för närvarande är verksamma vid institutionen. Forskningen är av absolut världsklass och spänner över flera stora områden. SciLifeLab (SciLifeLab) är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper med fokus på forskning inom hälsa och miljö. Centret kombinerar ledande teknisk expertis med avancerat kunnande inom translationell medicin och molekylära biovetenskaper. SciLifelab är en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, KTH, Stockholms universitet och Uppsala universitet. Centret samarbetar med flera andra lärosäten. Administrativt kommer anställningen att placeras vid Institutionen för biokemi och biofysik, Stockholms universitet. Mer information om oss finns på: Institutionen för biokemi och biofysik. Projektbeskrivning Dina studier på forskarnivå inom bioinformatik kommer att bedrivas inom projektet "AI-driven multiskalig modellering av membranproteinkomplex". Cellmembran är högt organiserade sammansättningar av proteiner och lipider vars struktur och sammansättning förändras vid sjukdom, läkemedelsexponering och cellulär stress, men nuvarande strukturbiologiska och AI-baserade metoder behandlar till stor del membranproteiner ett i taget och fångar sällan hur proteiner, lipider och glykaner tillsammans formar membranets organisation. I detta projekt kommer doktoranden/doktoranderna att utveckla djupinlärningsbaserade metoder för att bygga multiskaliga strukturmodeller av cellmembran, med utgångspunkt i erytrocyt- och mitokondriemembran. Med utgångspunkt i vår forskargrupps arbete med AlphaFold-baserad prediktion av proteinkomplex [1] kommer projektet att vidareutveckla dessa metoder för att (1) förutsäga strukturen och interaktionerna hos membranproteinkomplex inbäddade i en lipidmiljö, (2) integrera experimentella begränsningar från proteomik, glykoproteomik, strukturell masspektrometri och lipidomik genererade av samarbetande experimentella forskargrupper i modelleringspipelinen, (3) skala upp prediktionerna från enskilda proteinkomplex till organisationen av hela membran, med utgångspunkt i vårt arbete med att sammanställa stora komplex med AlphaFold och Monte Carlo-trädsökning [2], samt (4) jämföra membranorganisation mellan celltyper och tillstånd – med utgångspunkt i vår proteomomfattande karta över det humana proteininteraktionsnätverket [3] – för att identifiera konserverade samt sjukdoms- eller läkemedelsspecifika omstruktureringsmönster. Projektet kan även kopplas till arbete med AI-baserad prediktion av läkemedelstransport genom membran, med utgångspunkt i våra studier av membrantransportörers strukturella evolution [4]. Doktoranden/doktoranderna kommer att arbeta i gränslandet mellan strukturbioinformatik, maskininlärning och membranbiologi, i nära samarbete med experimentella forskargrupper inom membranbiologi och strukturbiologi. Elofssons forskargrupp är placerad vid SciLifeLab, Stockholms universitet. Elofsson har under mer än två decennier arbetat med proteinstrukturprediktion, proteinevolution och särskilt membranproteiner, med hjälp av maskininlärning och andra beräkningstekniker. Bland gruppens viktigaste bidrag finns metoder för att bedöma kvaliteten på proteinmodeller, samt nyare arbete kring prediktion av protein–proteininteraktioner och uppbyggnad av stora proteinkomplex. Gruppen består för närvarande av sju doktorander, tre postdoktorer och fem seniora forskare, och samarbetar nära med beräkningsinriktade och experimentella grupper vid SciLifeLab och internationellt. Arne Elofsson är för närvarande biträdande föreståndare för CEMERAI. För mer information se https://bioinfo.se/. Ett urval av publikationer med särskild relevans för detta projekt listas nedan. [1] Bryant, P, Pozzati, G. & Elofsson, A. “Improved prediction of protein-protein interactions using AlphaFold2”. Nat Commun, 2022 Mar 10;13(1):1265 [2] Bryant P, Pozzati G, Zhu W, Shenoy A, Kundrotas P, Elofsson A. “Predicting the structure of large protein complexes using AlphaFold and Monte Carlo tree search”. Nat Commun. 2022 Oct 12;13(1):6028 [3] Burke, D.F., Bryant, P., Barrio-Hernandez, I., … Elofsson, A. “Towards a structurally resolved human protein interaction network”. Nat Struct Mol Biol 2023, 30(2):216-225 [4] Sudha, G., Bassot, C., Lamb, J., Shu, N., Huang, Y. & Elofsson, A. “The evolutionary history of topological variations in the CPA/AT transporters”. PLoS Comput Biol 2021, 17(9):e1009278 Behörighetskrav För att bli antagen till forskarutbildning krävs att den sökande har grundläggande och särskild behörighet. Behörighetskraven måste vara uppfyllda vid den tidpunkt då den sökande antas till forskarutbildningen vid Institutionen för biokemi och biofysik. Grundläggande behörighet har du om du avlagt examen på avancerad nivå, eller fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, eller på annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper. För särskild behörighet att antas till utbildning på forskarnivå i bioinformatik krävs, att den sökande inom utbildning på grundnivån har godkänt resultat på kurser om minst 90 hp, antingen a) kemi/molekylärbiologi/bioteknik, eller b) datalogi/matematik/fysik, och ett självständigt arbete om minst 30 hp samt kurser på avancerad nivå inom molekylära livsvetenskaper, datalogi, matematik, fysik och/eller bioinformatik så att totalt 60 hp på avancerad nivå uppnås. Särskild behörighet har också den som i annan ordning inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper, vilket bedöms av examinator och/eller studierektor för utbildning på forskarnivå. Urval Urval bland behöriga sökande ska göras med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig utbildningen. Viktiga bedömningsgrunder är följande: förtrogenhet med teori, skicklighet inom ämnesområdet för avhandlingsarbetet, förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska och/eller svenska, analytisk förmåga, kreativitet, initiativförmåga, självständighet och samarbetsförmåga. Till grund för att bedöma hur den sökande uppfyller dessa krav används tidigare studiers relevans för ämnet, betyg på genomgångna högskolekurser (särskilt de på avancerad nivå), kvalitet och omfattning på det självständiga arbetet, referenser till personer som kan beskriva den sökandes färdigheter och intervjuer. Antagningsordning för utbildning på forskarnivå vid Stockholms universitet. Om anställningen Vi erbjuder en tidsbegränsad anställning som doktorand enligt 5 kap. högskoleförordningen (1993:100). Anställningstiden får inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år. Som doktorand ska du främst ägna dig åt din egen utbildning på forskarnivå, men i anställningen kan arbete med utbildning, forskning och administration ingå i begränsad omfattning (högst 20 %). En ny anställning som doktorand gäller för högst ett år, anställningen förnyas därefter med högst två år i taget. Stockholms universitet värnar om att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika rättigheter och möjligheter för alla. Kontakt Ytterligare information lämnas av professor Arne Elofsson, [email protected]. Allmän information angående forskarutbildningen kan fås från studierektor Andreas Barth, [email protected]. Ansökan Du söker doktorandplatsen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Bifoga personligt brev och CV samt de bilagor som efterfrågas i ansökningsformuläret. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag. Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.