Doktorand i molekylärbiologi, inom datadriven epidemiologi och infektionsbiologi

Institutionen för molekylärbiologi/Umeå universitet söker en doktorand i molekylärbiologi, kopplat till nationella DDLS-doktorandskolan i datadriven epidemiologi och infektionsbiologi. Framtidens livsvetenskap är datadriven. Vill du vara en del av denna förändring? Då är du välkommen att söka till detta unika program, med tillträde i januari, 2027, eller enligt överenskommelse. Ansök senast 2026-11-19. Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människors hälsa och globala ekosystem. SciLifeLabs och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) syftar till att rekrytera och utbilda nästa generations forskare inom datadriven livsvetenskap och att bygga upp världsledande kompetens inom beräkningsvetenskap och datavetenskap i Sverige. Programmet finansieras med totalt 3,3 miljarder kronor under 12 år av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse (KAW). Under 2026 utökas DDLS-forskarskolan genom rekrytering av 25 akademiska doktorander och 7 industridoktorander. Under DDLS-programmets gång kommer fler än 260 doktorander och 200 postdoktorer att ingå i forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: cell- och molekylärbiologi, evolution och biologisk mångfald, precisionsmedicin och diagnostik samt epidemiologi och infektionsbiologi. Mer information finns på DDLS-forskarskolans webbplats. Datadriven epidemiologi och infektionsbiologi omfattar forskning som kommer att förändra vår förståelse av patogener, deras interaktioner med värdar och miljön, samt hur de sprids i populationer. Forskningen har ett starkt fokus på beräkningsanalys eller prediktiv modellering av patogeners biologi eller värd–mikrobsystem, där multidimensionella experimentella data i genomskala nu finns tillgängliga, eller använder genetiska data, kliniska data eller folkhälsodata i populationsskala från övervakning av patogener och biobanker. Doktorandprojektet ligger i gränslandet mellan molekylärbiologi, bioinformatik och datavetenskap. Doktoranden kommer att utveckla beräkningsmetoder för analys av biologiska data och antas till forskarutbildning i molekylärbiologi vid Umeå universitet. Arbetsbeskrivning Vår forskargrupp utvecklar nya singelcellsbaserade multiomiska metoder för att karakterisera mikrobiella genom, vilket genererar mycket stora datamängder (terabyte–petabyte). Med denna teknik strävar vi efter att karakterisera komplexa bakteriesamhällen i olika miljöer, som ska lagras för djupare analys och visualisering i ett Microbial Cell Atlas. Tjänsten syftar till att utveckla centrala mjukvarukomponenter för att möjliggöra detta mål. Resultaten från projektet kommer att användas för att spåra nya patogener, bekämpa antimikrobiell resistens och biologiska hot samt identifiera nya enzymer av brett intresse (t.ex. CRISPR-genredigering). Arbetet bidrar också till att minska bioinformatikens miljöpåverkan och främja säkra beräkningsstandarder. Vår programvara är huvudsakligen utvecklad i Rust, med mindre delar i R och Python för att stödja bioinformatiker. Vårt webbgränssnitt utvecklas också i Rust (WebAssembly) – allt för att möjliggöra snabb beräkning och hantering av komplexa singelcellsdata. Programvaran är utvecklad från grunden för en ny typ av data (singelcells helgenomsekvensering/metagenomik), och hur data bäst analyseras är fortfarande en öppen forskningsfråga. Analysen omfattar förbehandling, sammansättning av DNA-fragment till kompletta genom, imputering av saknade data, filtrering av lågkvalitativa data, prediktion av DNA-funktion i enskilda celler, komprimering för arkivering, indexering och visualisering. Vår hårdvara omfattar CPU- och GPU-noder, och programvaran kommer att utformas för både multitrådning och horisontell skalning. Doktoranden blir en del av ett tvärvetenskapligt team av forskare och ingenjörer inom kemi, mikrobiologi, datavetenskap, matematik och data science. Eftersom arbetet är ett större lagarbete förväntas doktoranden inte genomföra alla uppgifter själv, utan snarare identifiera och arbeta med lämpliga delproblem. Erfarenhet av ett statiskt typat programmeringsspråk är dock ett krav. Vi uppmuntrar självständigt tänkande, från problemformulering till lösning, och projekten är flexibla. En person som är anställd som doktorand ska huvudsakligen ägna sig åt sin egen utbildning. Projektet och forskningsmiljön ger en engagerad doktorand möjlighet att utvecklas till en forskare av högsta klass. Kvalifikationer Sökande ska ha en universitetsexamen motsvarande en europeisk masterexamen eller ha fullgjort kurskrav om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå. För att uppfylla de allmänna behörighetskraven ska den sökande ha kvalifikationer motsvarande antingen en avlagd examen på avancerad nivå (andra cykeln), eller fullgjorda kurskrav om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på annat sätt ha förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper inom eller utanför Sverige. Fakultetsnämnden får, för en enskild sökande, medge undantag från de allmänna behörighetskraven om det finns särskilda skäl. (Högskoleförordningen, kapitel 7, §39). För att uppfylla de särskilda behörighetskraven för forskarutbildning i molekylärbiologi ska den sökande ha genomgått högskolestudier omfattande minst 90 högskolepoäng inom ett relevant ämnesområde.  Kraven på förkunskaper enligt ovan anses även vara uppfyllda av den som på annat sätt har förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper. Du ska ha god förmåga att kommunicera på engelska i tal och skrift. Krav - Bakgrund inom datavetenskap eller motsvarande. - Erfarenhet av ett statiskt typat programmeringsspråk - Kunskap om algoritmdesign och vanliga datastrukturer Meriterande  - Har erfarenhet av Rust - Har erfarenhet av bioinformatik (särskilt de novo-assemblering, singelcellsanalys och mikrobiell bioinformatik) - Har erfarenhet av webbutveckling och dynamiska webbplatser - Har grundläggande kunskaper i matematik (t.ex. linjär algebra, sannolikhetslära, statistik, stokastiska processer) - Har erfarenhet av utveckling i större projekt I viss grad meriterande - Har erfarenhet av R och Python - Har erfarenhet av maskininlärning - Har kunskaper i biologi Även om vi inte förväntar oss att sökande redan har biologikunskaper, förväntas de tillgodogöra sig tillräcklig kunskap under doktorandtiden för att kunna kommunicera effektivt med andra och formulera lösningar på bioinformatiska problem i termer av algoritmer. Forskarutbildningen kommer att anpassas efter studentens behov. Du bör vara starkt motiverad och kunna arbeta produktivt både i team och självständigt. Mycket god samarbets- och kommunikationsförmåga krävs för att kunna interagera effektivt med både seniora kollegor och andra forskare. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet. Som medarbetare bidrar du till att skapa en inkluderande kultur och en positiv arbetsmiljö. Detta innebär att du kommunicerar effektivt över olikheter, visar samarbetsvilja och förmåga att arbeta väl tillsammans med andra. Du har ett öppet och välkomnande förhållningssätt och visar respekt, omtanke och empati. Du engagerar dig i och stöttar kollegor med olika bakgrunder och perspektiv samt främjar en god balans mellan arbete och privatliv – både för dig själv och andra. Bedömningsgrunder Bedömningen av förmågan att tillgodogöra sig utbildningen baseras främst på: - Kunskaper och färdigheter relevanta för forskarutbildning inom området - Förmåga att formulera och lösa vetenskapliga problem - Förmåga till skriftlig och muntlig kommunikation på engelska - Annan erfarenhet relevant för forskarutbildning, såsom yrkeserfarenhet - Goda samarbetsförmågor, drivkraft och förmåga att arbeta självständigt ses som meriterande. Ett urval kommer att göras bland behöriga sökande baserat på deras meriter och deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Efter att en lämplig kandidat har valts ut påbörjas antagningsprocessen till forskarutbildningen. Beslut om antagning fattas av prefekten. Om anställningen Anställningen syftar till en doktorsexamen och är tidsbegränsad till fyra år heltid. Om deltidsundervisning (max 20 %) kan erbjudas förlängs anställningstiden. Löneplacering sker enligt fastställd lönestege för doktorandanställning. Enligt Högskoleförordningen (12 kap, 2§) kan beslutet om anställning inte överklagas Ansökan Du ansöker genom vårt rekryteringssystem senast 2026-11-19. En fullständig ansökan ska innehålla följande dokument skrivna på engelska eller svenska: • En CV med information om utbildning, en förteckning över tidigare och nuvarande anställningar, och en lista över publikationer. • Kopior på examensbevis • Ett följebrev som beskriver forskningserfarenhet och intressen, motivation för ansökan till forskarutbildning. • Kontaktuppgifter till två - tre referenser. För frågor om anställningen kontakta: [email protected] or [email protected]  Mer om oss För mer information, besök Institutionen för molekylärbiologi, DDLS Research school - SciLifeLab, UCMR - Umeå centrum för mikrobiell forskning Våra forskargrupper presenteras på What we do – Henriksson Lab, The CompMicroLab @ UmU, Välkommen med din ansökan!