Forskare i hybriders epigenetik och genuttryck

Ämnesbeskrivning Vi rekryterar en forskare tidigt i karriären för en karriärsutvecklingsposition inom ERC-projektet "Hybridization derived novel patterns of gene expression”. Projektet undersöker genuttryckets roll i hur ny variation och evolutionära anpassningar kan uppstå genom hybridisering. De specifika forskningsfrågorna som ska besvaras kommer att utvecklas i diskussioner med den utvalda kandidaten och teamet, men den huvudsakliga frågeställningen inom projektet är i vilken utsträckning ändringar i metylering och kromatin uppstår som följd av hybridisering, och hur/i vilken grad dessa ändringar bidrar till förändrat genuttryck i hybrider. Projektet bygger på vårt unika data set bestående av tre oberoende linjer av hybridarten Italiensk sparv samt deras föräldraarter. Vi har provtagit och håller nu på att extrahera genuttrycksdata från olika vävnader för ca 10 individer av varje kön från dessa populationer. Forskaren förväntas leda laboratoriestrategin för cut-and-runextraktioner. Forskaren kommer att samarbeta nära med kollegor som genomför genuttrycksanalyser, och själv leda analys av metylerings- och ATAC-seq data och cut-and-rundata, samt syntetisera arbetet för publikation. Forskaren kommer att arbeta nära HybridExpress-teamet bestående av en labmanager, en doktorand och en post doc.  Projektet leds av universitetslektor Anna Runemark vars lab är en del av SPeciation, Adaptation and Co-Evolution gruppen inom divisionenbiologisk mångfald och evolution. Arbetsuppgifter De huvudsakliga uppgifterna i en forskartjänst är att bedriva forskning. Detaljerad beskrivning av arbetsuppgifterna: - Bioinformatisk analys av genuttrycksdata - Analys av metylering och histonmodifieringar och cut-and-rundata, med fokus på deras effekter på genuttryck - Tolkning av bioinformatiska resultat, figurberedning - Syntetisera data för publicering Kandidaten kan potentiellt bidra till undervisningen på bioinformatikprogrammet. Krav för anställningen För anställning till denna karriärutvecklingstjänst krävs att den sökande har en doktorsexamen, eller en internationell examen som bedöms likvärdig med en doktorsexamen, inom biologi eller evolutionär biologi med bioinformatiska metoder eller evolutionära frågeställningar. Även om det inte finns några formella krav på karriärålder, syftar tjänsten till karriärutveckling för en forskarkarriär och meriter kommer att beaktas i ljuset av karriäråldern. - Starka erfarenheter av bioinformatik och epigenetik, inklusive analys av metylering och histonmodifiering, genuttrycksdata och/eller analys av hybridgenom.  -  Dokumenterad erfarenhet av analys av EMseq data - Dokumenterade förmåga att utveckla repeterbara arbetsflöden såsom nextflow. - Erfarenhet av användande av nf-core/rnaseq nf-core/methylseq nf-core/differentialabundance nf-core/sarek   Meriterande för anställningen Detta är en position menad för karriärsutveckling för en framtida akademisk karriär medforskningsfokus. Positionen är tänkt som ett tidigt steg i en karriär och utvärdering av sökande kommer primärt baseras på deras forskningskvalifikationer dvs. styrkan i sökandes publikationshistorik och hens potential som forskare. Särskild tyngd kommer läggas på färdigheter inom forskningsämnet i.e. reglering av genuttryck och hur epigenetiska modifikationer påverkar detta. - God förmåga att utveckla och genomföra forskning av hög kvalitet, vilket bedöms av publikationshistorik med starka självständiga bidrag och publikationer av hög kvalitet i välrenomerade journaler; samt dokumenterad erfarenhet av att presentera forskningsresultat på internationella konferenser. Meriterande bioinformatiska kunskaper är:  - Genannotering med BRAKER och funktionell annotering med InterProScan och EnTAP - kartläggning av RNAseq-data till ett pangenom med vg  - erfarenhet av hybridarter och transgressivt genuttryck. Övriga egenskaper som kommer tas i beaktande är goda samarbetsegenskaper, handlingskraftighet och självständighet. Särskild vikt kommer att läggas vid hur den sökande passar in i gruppen samt hur sökandens erfarenhet och färdigheter kompletterar den pågående forskningen inom institutionen och dess utveckling. Villkor Detta är en tillsvidareanställning på heltid, från och med 2027-01-01, provanställning i 6 månader kan komma att tillämpas.  Kontaktperson: Anna Runemark [email protected] Instruktioner för ansökan Ansökan ska skrivas på engelska, kompileras till en enda pdf och innehålla: - Meritförteckning/CV (max 1 sida Times New Roman, 12 pt) - Publikationslista - Ett cover letter som beskriver hur din tidigare forskning matchar positionens krav samt om framtida forskningsintressen (max 1 sida Times New Roman, 12 pt) - Kontaktuppgifter till minst två akademiska referenser - Kopia av examensbevis för doktorsexamen