Doktorand inom avancerad dataanalys för dataintegration, bildanalys och precisionsonkologi.

Beskrivning av arbetsplatsen                                                                                                      Det övergripande målet med vår forskning är att främja precisionsmedicin genom att förbättra prognostisering och behandlingsval för cancerpatienter genom utveckling av nya prognostiska och behandlingsprediktiva biomarkörer, samt genom att klarlägga tumörbiologi för att bättre förstå mekanismer bakom behandlingsresistens och identifiera nya terapeutiska måltavlor. För att uppnå detta använder vi toppmodern teknologi för molekylär tumöranalys med både solida vävnadsprover och blodbaserade flytande biopsier från unika och välkarakteriserade kliniska kohorter. Vår forskning integrerar avancerade flytande biopsimetoder, inklusive analys av cirkulerande tumörceller och cirkulerande tumör-DNA, med omfattande vävnadsbaserade profileringsmetoder såsom genexpressionsanalys, DNA-sekvensering, encellssekvensering och spatial transkriptomik. Dessa högdimensionella data analyseras med avancerade bioinformatiska och biostatistiska metoder. Som doktorand kommer du att ingå i en starkt samarbetande och tvärvetenskaplig forskargrupp med fokus på att utveckla verktyg inom precisionsmedicin för förbättrad diagnostik och behandling av bröst- och prostatacancer. Du kommer att arbeta nära beräkningsforskare, molekylärbiologer och kliniska forskare i en traditionell forskningsmiljö. Forskningen bedrivs i en mycket stödjande akademisk miljö med utmärkt tillgång till infrastruktur och kärnfaciliteter vid Lunds universitet, inklusive plattformar för genomik, transkriptomik, bioinformatik och avancerad bildanalys. Inom forskargruppen värdesätter vi en positiv arbetsmiljö som präglas av respekt och omtanke i våra relationer. Vi strävar kontinuerligt efter att skapa förutsättningar som främjar arbetsglädje, utveckling och delaktighet för alla medarbetare. Forskargruppen rekryterar nu en doktorand på heltid (100 %) med startdatum den 1 november 2026 (eller enligt överenskommelse). Beskrivning av doktorandprojekt                                                                                      Doktoranden kommer att ansvara för att leda projekt med fokus på utveckling av nya beräkningsmässiga och AI-baserade verktyg för att förbättra vår förståelse av multimodala data inom precisionsonkologi. Projekten omfattar integrering av olika typer av sekvenseringsbaserad analys av cellfritt DNA vid metastaserad prostatacancer, utveckling av nya metoder för analys av spatial transkriptomik på encellsnivå och proteindata från parade prostatoktomi- och lymfkörtelprover vid prostatacancer, samt utveckling av en ny metod för klassificering av lymfovaskulär invasion i primär bröstcancer baserat på digitala histopatologiska helslidsbilder och genexpressionsdata. Arbetsuppgifter och ansvarsområden                                                                                      Som doktorand kommer du, under handledning, att ansvara för att initiera, genomföra och slutföra forskningsprojekt inom precisionsmedicin för cancer. Dina arbetsuppgifter omfattar särskilt: - Avancerad dataanalys, inklusive utveckling av mjukvaruinfrastruktur för att optimera dataflöden. - Utveckling av analytiska metoder för att integrera olika typer av sekvenseringsbaserad DNA-data. - Utveckling av beräkningsmodeller för prognostisering och behandlingsprediktion. - Integrering av olika typer av spatial encellsdata, såsom genexpressions- och proteinexpressionsdata. - Utveckling av bildanalysmetoder för histopatologiska prover med hjälp av AI-baserade modeller. Som doktorand kommer du även, under handledning, att: - Bidra i olika delar av den vetenskapliga publiceringsprocessen. - Presentera vetenskapliga resultat i olika forum. - Ansöka om forskningsfinansiering. Ytterligare arbetsuppgifter kopplade till anställningen kan förekomma. Vi erbjuder Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Vi har även ett flextidsavtal som skapar goda förutsättningar för balans mellan arbete och fritid. Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd vid Lunds universitet  Jobba hos oss. Kvalifikationer För anställningen krävs: - Bakgrund inom bioinformatik, beräkningsbiologi eller motsvarande (minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå). - Erfarenhet av arbete med AI-modeller för bildanalys. - Erfarenhet av sekvenseringsbaserad analys av DNA. - Dokumenterad förmåga att arbeta självständigt i nära samarbete med kliniker och andra forskare. - Erfarenhet av arbete med spatiala encellsteknologier. - Förmåga att kommunicera på engelska i tal och skrift. Vi förväntar oss att du som person är noggrann och målinriktad. Meriterande är: - Avancerade kurser inom datavetenskap eller beräkningsbiologi med relevans för cancerforskning. - Tidigare forskningsprojekt som använt bioinformatiska metoder inom cancerforskning, särskilt utveckling av nya verktyg för prognostiska eller behandlingsprediktiva biomarkörer. - Tidigare erfarenhet av forskning inom bröst- eller prostatacancer. - Tidigare erfarenhet av arbete med flytande biopsier för cancerdiagnostik - Avlagt examen på avancerad nivå - Fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller - på annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper. Anställning som doktorand regleras i högskoleförordningen (1998:80). Endast den som är eller har antagits till utbildning på forskarnivå får anställas som doktorand. Vid anställning ska i första hand beaktas den sökandes förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Utöver sina studier kan doktoranden åläggas att utföra undervisning, forskning och administrativa uppgifter i enlighet med gällande bestämmelser i förordningen. Behörighet Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har: avlagt examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper. Bedömningsgrund Bestämmelser för anställning som doktorand återfinns i förordning SFS 1998:80. Som innehavare får enbart förordnas den som är antagen till utbildning på forskarnivå. Vid tillsättning skall avseende främst fästas vid graden av förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Förutom skyldighet att ägna sig åt egen forskarutbildning kan innehavaren åläggas att fullgöra tjänstgöring som avser utbildning, forskning och administrativt arbete enligt särskilda bestämmelser i förordningen. Villkor Tidsbegränsad anställning fyra år enligt HF 5 kap 7§. Så här söker du Anställningen söks via universitetets rekryteringssystem. Ansökan ska innehålla ett personligt brev där du beskriver hur du uppfyller kvalifikationskraven samt varför du är intresserad av anställningen. Ansökan ska även innehålla CV och examensbevis samt övrigt som du önskar åberopa. Minst två referenser med fullständiga kontaktuppgifter. Institutionen för kliniska vetenskaper i Lund (IKVL) är en av sex institutioner vid medicinska fakulteten. Institutionen har ett brett samarbete, såväl inom fakulteten som inom andra enheter vid universitet. IKVL har även ett väl utvecklat samarbete med Skånes universitetssjukhus (SUS) och Region Skåne samt det omgivande samhället och näringslivet. Detta för att främja klinisk och experimentell translationell forskning, utveckling och utbildning.