Staff scientist inom virologi

Beskrivning  Institutionen för klinisk mikrobiologi vid Umeå universitet bedriver framstående forskning och utbildning inom värd-mikrob-interaktioner, mikrobers sjukdomsframkallande mekanismer och immunsystemets respons. Forskningen omfattar både cellulära och molekylära aspekter av infektioner orsakade av bakterier, virus och svampar, samt hur immunsystemet reagerar och reglerar dessa processer. Vid institutionen finns omkring 30 aktiva forskargrupper med olika profiler. Tjänsten som staff scientist är placerad i forskargruppen Överby Wernstedt och forskningen handlar om att utveckla bildanalys- och maskininlärningsmetoder för analys av tredimensionella avbildningar av virusinfektion i mushjärna. Arbetsuppgifter Projektet går ut på att utveckla kombinationer av bildanalys- och maskininlärningsmetoder för nya sätt att analysera light sheet fluorescence mikroskopi-data av infekterade mushjärnor. Målet är att utveckla nya analysverktyg för att kunna identifiera bl.a. vilka nervcellsbanor som är infekterade. Projektet är ett samarbete med docent Tommy Löfstedt vid institutionen för datavetenskap samt doktor Minh Hoang Vu vid HPC2N. I projektet kommer du att bidra till att utveckla nya metoder för att registrera light sheet fluorescence mikroskopi-bilder, identifiera och ta bort artefakter i sådana bilder, samt identifiera och förutspå nervcellsbanor längs vilka viruset sprider sig. Du kommer att självständigt planera, genomföra och att samarbeta med andra forskare på vår och andra institutioner. Du kommer att kommunicera och presentera din forskning inom universitetet och på nationella/internationella konferenser samt skriva artiklar med hög vetenskaplig kvalitet. Kvalifikationer  Behörig att anställas som staff scientist är den som har avlagt doktorsexamen, eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen, i datavetenskap, matematik, eller motsvarande ämnen som anses relevanta för projektet. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid den tidpunkt då beslut om anställning fattas. Ett krav är att den sökande har mycket goda kunskaper inom projektrelaterade områden: - Maskininlärning/djup maskininlärning - Bildanalys/bildbehandling/datorseende Du som söker måste ha goda programmeringskunskaper, behärska engelska flytande i tal och skrift och ha en hög motivation för forskningsarbete. Erfarenheter inom följande områden är meriterande: - Medicinsk bildanalys (t.ex., erfarenhet med CT- eller MR-bilder, Dicom-formatet, segmentering, registrering, etc.) - Stark bakgrund inom matematik (t.ex., optimering, probabilistiska metoder, högdimensionell statistik, inversproblem) - Erfarenhet från internationella och interdisciplinära forskningsmiljöer - Erfarenhet av storskaliga experiment och superdatormiljöer Eftersom projektet innebär samarbeten måste du också kunna arbeta produktivt i grupp. Utmärkta kommunikationsfärdigheter krävs för att effektivt kunna samarbeta med kollegor, inklusive kollegor från kompletterande forskningsområden. Du som söker måste också ha förmåga att självständigt planera, utveckla metoder, utföra analyser och sammanfatta resultat. Det förväntas att en staff scientist självständigt ska kunna utföra avancerade analyser av stora mängder högdimensionella data. Villkor Anställningen är tidsbegränsad tom 27-09-10. Tillträde enligt överenskommelse. Ansökan ska innehålla: Personligt brev som tydligt visar hur du uppfyller de önskade kvalifikationerna samt varför du söker den utlysta tjänsten, sammanfattat på en A4-sida (på engelska) CV inklusive publikationslista Styrkta kopior av doktorsexamen och andra relevanta examensbevis Kontaktuppgifter till minst två referenspersoner Dokumentation av övrig relevanta erfarenheter och kompetenser Ansökan ska vara skriven på engelska eller svenska. Om bifogade dokument har annat originalspråk än dessa två ska en översättning inkluderas. Bifogade dokument ska vara i pdf-format. Ansökan görs elektroniskt via Varbi, sista ansökningsdag är 26-10-16. För ytterligare information, kontakta Anna Överby Wernstedt ([email protected]). Välkommen med din ansökan!