Doktorandplats inom bioinformatik/evolutionär mikrobiologi

Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (IMBIM) vid Uppsala universitet utgör en bred internationell miljö för forskning och undervisning. Forskningen vid IMBIM spänner över biokemi, molekylär- och cellbiologi, strukturbiologi, tumörbiologi, jämförande genetik, funktionsgenomik, immunologi, bakteriologi och virologi. Forskningen är grundvetenskapligt inriktad med stark relevans för mekanismer bakom hälsa och sjukdom hos både djur och människa. Mer information: Forskning – Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi – Uppsala universitet Vi söker en mycket motiverad doktorand till projektet ”En två miljarder år lång historia av infektioner: evolution av värdanpassning hos tidiga gammaproteobakterier”, finansierat av Vetenskapsrådet och lett av Lionel Guy. Doktoranden kommer att vara placerad vid Biomedicinskt centrum (BMC) i Uppsala. Projektbeskrivning Förmågan att livnära sig på andra organismer genom fagocytos är ett avgörande steg i eukaryoternas evolution och en förutsättning för näringsvävar, flercellighet och förmodligen även förvärvet av mitokondrier. Den banade också väg för intracellulär parasitism, då vissa bakterier undgick att brytas ned av sina värdar och i stället förökade sig i den näringsrika cytoplasman. Här fokuserar vi på djupt förgrenade intracellulära gammaproteobakterier (Deep-branching Intracellular Gammaproteobacteria, DIG), en stor grupp av besläktade bakterier (t.ex. Legionella och Francisella) med en stor variation av strategier för värdanpassning. Vår hypotes är att DIG:s senaste gemensamma förfader uppstod under eukaryogenesen för två miljarder år sedan och var bland de första bakterierna att infektera eukaryoter. I projektet kommer doktoranden att samla in ett gediget urval av DIG-genom, inklusive isolat från 30 nya Legionella-arter, rekonstruera deras evolutionära historia, bedöma deras metabola potential och identifiera deras gener för värdanpassning. Doktoranden kommer att söka igenom genomen efter horisontell genöverföring från tidiga eukaryoter eller Asgard-arkéer, och särskilt analysera evolutionen inom släktet Legionella. En bättre förståelse av relationerna mellan de första eukaryoterna och deras tidiga inkräktare kommer att kasta ljus över eukaryogenesen, och särskilt över fagocytosens roll. Kvalifikationskrav Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har - avlagt examen på avancerad nivå inom bioinformatik, molekylärbiologi, mikrobiologi, mikrobiell ekologi eller närliggande område eller - fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller - på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper. Examen ska vara avlagd, eller förväntas vara avlagd, före mars 2027. - Dokumenterade programmeringskunskaper i Python eller R. - Erfarenhet av att använda och/eller utveckla metoder inom metagenomik och molekylär evolution - Grundläggande förståelse för och intresse av mikrobiell evolution - Goda kunskaper i engelska, både i tal och skrift - Förmåga att självständigt planera, genomföra och slutföra forskningsprojekt - Kreativitet och god samarbetsförmåga Önskvärt/meriterande i övrigt  - Erfarenhet av att bygga pipelines för högpresterande beräkningskluster (HPC) - Kompetens i hantering av stora datamängder - Erfarenhet av DNA-extraktion och framställning av sekvenseringsbibliotek Urvalet baseras på följande kriterier: uppfyllande av ovanstående kvalifikationer, betyg i relevanta kurser, kursernas relevans för forskningsprogrammet samt tidigare erfarenhet av arbete och forskning inom det vidare område som projektet berör. En samlad bedömning av den sökande görs för att anställa den bästa möjliga kandidaten, som kan tillgodogöra sig forskarutbildningen och bidra till en positiv utveckling av forskningsprogrammet. Stor vikt läggs vid personliga egenskaper såsom analytisk förmåga, noggrannhet, flexibilitet och samarbetsförmåga. Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer. Om anställningen Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde snarast eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala För mer information, kontakta Universitetslektor Lionel Guy, [email protected] Välkommen med din ansökan senast den 29 oktober 2026, UFV-PA 2026/2912.